Nu slår Gülen tillbaka mot anklagelserna - Den misslyckade turkiska statskuppen den 15 juli har följts av undantagstillstånd och oroligheter.
President Tayip Erdogan har riktat anklagelserna mot Gülenrörelsen och dess ledare Fethullah Gülen.
Nu slår Gülen tillbaka mot anklagelserna.
"Jag har under min livstid klarat mig igenom fyra militärkupper, jag skulle aldrig vilja se ytterligare en sådan", skriver han i New York Times.
Situationen i Turkiet har varit ansträngd sedan natten mellan den 15 och 16 juli. Under ett par kaotiska timmar såg det ut som att en grupp av militärer hade tagit kontrollen över landet och över flera stora mediekanaler, och uppgifter om att president Erdogan var på väg för att söka asyl i Tyskland florerade.
Så blev dock inte fallet. Erdogan återvände och deklarerade att kuppförsöket hade misslyckats.
Efterspelet har i mångt och mycket handlat om påföljderna som har drabbat de som regimen nu ser som ansvariga för kuppförsöket.
Enligt Reuters har detta bland annat lett till att 60 000 personer har gripits, stängts av eller utretts för inblandning, samtidigt som mer än 130 medier har stängts av regimen. Framför allt anklagas många för att sympatisera, eller tillhöra, den så kallade Gülenrörelsen.
Bakom rörelsen står Fethullah Gülen, som sedan 1999 lever i exil i USA. Han slår nu tillbaka mot Erdogans anklagelser, att hans organisation skulle ligga bakom kuppförsöket.
"Jag fördömer starkt kuppförsöket. Regeringsmakten ska vinnas genom en process som innehåller fria och rättvisa val, inte våld", skriver han i New York Times.
Erdogan har tidigare krävt att USA ska utlämna Fethullah Gülen till Turkiet. Gülenrörelsen och Erdogans parti AKP var tidigare tätt sammankopplade, men sedan ett antal år är de i stället bittra fiender.
"Erdogans anklagelser är inte överraskande då de säger en hel del om hans systematiska och farliga strävan efter ett enmansstyre", skriver Fethullah Gülen.
Men Erdogan och hans parti AKP verkar inte ge sig den här gången.
The Guardian rapporterade under förra veckan att turkiska regeringstjänstemän hotar om att konsekvenserna kommer att bli allvarliga för Turkiets och USA:s relationer om Gülen inte utlämnas.
"Erdogan försöker att utöva utpressning mot USA genom att minska stödet för den internationella koalitionen mot IS. Lockelsen att ge Erdogan vad han vill ha är förståelig, men USA måste stå emot", skriver Fethullah Gülen".
Men det är inte bara relationerna med USA som kan bli ansträngda för Turkiet.
I en intervju med tyska Frankfurter Allgemeine Zeitung kräver landets utrikesminister Mevlüt Cavusoglu att turkar måste få resa in i EU utan visum. I andra fall kan landet komma att säga upp flyktingöverenskommelsen parterna emellan.
- Om det inte bli någon liberalisering av visumreglerna kommer vi att tvingas ta avstånd från överenskommelsen som gjordes 18 mars, säger Cavusoglu.