Trump möttes av protester i Pittsburgh - Människor höll upp skyltar med text som "ord spelar roll" och en bild på presidenten med en tejpbit över munnen. "Inget hat i vår stat" löd en annan.
Lokala judiska ledare har i ett öppet brev skrivit att presidenten inte är välkommen förrän han fördömt vit nationalism. Brevet har i skrivande stund undertecknats av över 70 000 personer.
Ett tåg med människor vandrade och sjöng i området Squirrel Hill, där synagogan ligger, med budskapet att presidenten inte är välkommen förrän han slutat med sina verbala angrepp mot minoriteter, migranter och flyktingar.
Donald Trump besökte synagogan tillsammans med sin fru Melania Trump och båda lade blommor på minnesmärken för de döda. Presidenten har tidigare sagt att han kommer att besöka poliser som vårdas på sjukhus och andra som skadades i masskjutningen.
Under tisdagen har begravningar hållits för flera församlingsmedlemmar som dödades i attacken, däribland två bröder i 50-årsåldern.