Ledarbyte kan ge Merkel nya problem - Merkels eget parti CDU har under mycket lång tid varit i koalition med systerpartiet CSU som sedan länge styr i den viktiga delstaten Bayern.
Koalitionen har setts som grundmurad, men nu står det klart att CSU-ledaren Horst Seehofer kommer att lämna sin post som ministerpresident och regeringschef i Bayern.
Han efterträds av Markus Söder, som hittills har fungerat som finansminister i delstaten.
Seehofer har kritiserats hårt efter partiets katastrofsiffror i det senaste förbundsdagsvalet.
I stället blir det nu Söder som kommer att utforma partiets politik - vilket kan komma att ställa till med problem för Merkel.
Det är främst migrations- och flyktingpolitiken som det kommer att bli svårt att enas kring i de framtida regeringsförhandlingarna.
Söder, som säger att "ett nytt kapitel nu kommer att påbörjas", har sagt att han "inte kan föreställa sig" att gå med i en ny koalition med CDU om inte antalet flyktingar som släpps in i landet begränsas kraftigt.
I valet i september förlorade CSU många röster till det högerpopulistiska partiet AFD. Seehofer fick delvis skulden för detta av partiets anhängare. Många menade att han borde ha tvingat Merkel att sätta en gräns för flyktinginvandringen.