Mourinho oroad efter Zlatans skada - Ibrahimovic föll efter en duell i 93:e matchminuten. Han grimaserade illa och tog sig för höger knä innan han leddes av planen.
- Jag vill vänta och se, och vara optimistisk, men det är jag inte, säger José Mourinho efter matchen.
Till BT Sport sade tränaren att han inte trodde att skadorna var lindriga.
- Jag föredrar att vänta till alla tester är gjorda, och sedan kommentera. Men nyheterna är tämligen negativa.
Skadan inträffade på torsdagskvällen under matchen mot Anderlecht i Europa League-fotbollen, där Manchester United segrade med 2-1 efter förlängning. Därmed tog sig laget vidare till semifinal.
- Det är en viktig titel och vi måste fortsätta arbeta. Dagens match visade hur svårt det är. Vi väntar oss inte att det ska gå lätt i semifinal, säger Mourinho.
Ibrahimovic fick vård bredvid planen, och linkade sedan i väg in i spelartunneln. Svensken är lagets främste målskytt, med 28 mål den här säsongen.
Även United-backen Marco Rojas ådrog sig en knäskada under matchen. Inte heller för honom såg det särskilt ljust ut, enligt Mourinho.